multiHiCcompare

DOI:10.18129 / B9.bioc.multiHiCcompare

当每个实验条件的副本可用时,标准化并检测Hi-C数据集之间的差异

Bioconductor版本:发行版(3.16)

multiHiCcompare提供了多个Hi-C数据集的联合归一化和差异检测功能。原来的HiCcompare包的扩展现在允许有2组以上的Hi-C实验,每组有多个样本。multiHiCcompare以稀疏上三角矩阵的形式对处理后的Hi-C数据进行操作。它接受四列(染色体,区域1,区域2,IF)制表符分隔的文本文件,存储染色质相互作用矩阵。multiHiCcompare提供了适合联合归一化Hi-C数据的循环黄土和快速黄土(fastlo)方法。此外,它还提供了一个通用线性模型(GLM)框架,使edgeR包能够以距离相关的方式检测Hi-C数据的差异。

作者:John Stansfield , Mikhail Dozmorov < Mikhail。vcuhealth.org>

维护者:John Stansfield , Mikhail Dozmorov < Mikhail。vcuhealth.org>

引文(从R内,输入引用(“multiHiCcompare”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“multiHiCcompare”)

超文本标记语言 R脚本 juiceboxVisualization
超文本标记语言 R脚本 multiHiCcompare
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews 归一化测序软件
版本 1.16.0
在Bioconductor BioC 3.8 (R-3.5)(4年)
许可证 MIT +文件许可证
取决于 R (>= 4.0.0)
进口 data.tabledplyrHiCcompare刨边机BiocParallelqqmanpheatmap、方法、GenomicRanges,图形,统计,utils,pbapplyGenomeInfoDbDataGenomeInfoDb聚合
链接
建议 knitrrmarkdowntestthatBiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/dozmorovlab/multiHiCcompare
BugReports https://github.com/dozmorovlab/multiHiCcompare/issues
全靠我
进口我 HiCDOC
建议我 HiCcompare
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 multiHiCcompare_1.16.0.tar.gz
Windows二进制 multiHiCcompare_1.16.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) multiHiCcompare_1.16.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) multiHiCcompare_1.15.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/multiHiCcompare
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/multiHiCcompare
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/multiHiCcompare/
软件包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请细阅发布指南.将有关Bioconductor的问题发送到以下位置之一:

  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网