multiHiCcompare

DOI:10.18129 / B9.bioc.multiHiCcompare

当每个实验条件的副本可用时，标准化并检测Hi-C数据集之间的差异

Bioconductor版本:发行版(3.16)

multiHiCcompare提供了多个Hi-C数据集的联合归一化和差异检测功能。原来的HiCcompare包的扩展现在允许有2组以上的Hi-C实验，每组有多个样本。multiHiCcompare以稀疏上三角矩阵的形式对处理后的Hi-C数据进行操作。它接受四列(染色体，区域1，区域2,IF)制表符分隔的文本文件，存储染色质相互作用矩阵。multiHiCcompare提供了适合联合归一化Hi-C数据的循环黄土和快速黄土(fastlo)方法。此外，它还提供了一个通用线性模型(GLM)框架，使edgeR包能够以距离相关的方式检测Hi-C数据的差异。

作者:John Stansfield ， Mikhail Dozmorov < Mikhail。vcuhealth.org>

维护者:John Stansfield ， Mikhail Dozmorov < Mikhail。vcuhealth.org>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“multiHiCcompare”)

超文本标记语言	R脚本	juiceboxVisualization
超文本标记语言	R脚本	multiHiCcompare
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	嗝，归一化，测序，软件
版本	1.16.0
在Bioconductor	BioC 3.8 (R-3.5)(4年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.0.0)
进口	data.table，dplyr，HiCcompare，刨边机，BiocParallel，qqman，pheatmap、方法、GenomicRanges，图形，统计，utils，pbapply，GenomeInfoDbData，GenomeInfoDb，聚合
链接
建议	knitr，rmarkdown，testthat，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/dozmorovlab/multiHiCcompare
BugReports	https://github.com/dozmorovlab/multiHiCcompare/issues
全靠我
进口我	HiCDOC
建议我	HiCcompare
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	multiHiCcompare_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	multiHiCcompare_1.16.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	multiHiCcompare_1.16.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	multiHiCcompare_1.15.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/multiHiCcompare
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/multiHiCcompare
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/multiHiCcompare/
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