multiClust

DOI:10.18129 / B9.bioc.multiClust

multiClust:用于识别癌症转录组谱中生物相关聚类的r包

Bioconductor版本:发行版(3.16)

进行聚类以识别转录组学概况中的模式，以确定临床相关的亚组患者。特征(基因)选择是这一过程中至关重要的一部分。目前，有许多特征选择和聚类方法来识别相关基因并对样本进行聚类。然而，选择一个合适的方法是困难的。此外，可用的包还不支持大量的特性选择方法。因此，我们开发了一个名为multiClust的综合r包，允许研究人员轻松地进行基因选择和聚类方法组合的选择实验。使用多聚类，我们确定了在临床结果的背景下表现最好的聚类方法。我们的观察表明，简单的方法，如基于方差的排序，在大多数数据集上表现良好，只要选择了适当数量的基因。然而，不同的基因排序和选择方法仍然是相关的，因为没有一种方法适用于所有的研究。

作者:Nathan Lawlor [aut, cre]，管培勇[aut]， Alec Fabbri [aut]， Krish Karuturi [aut]， Joshy George [aut]

维护者:Nathan Lawlor < Nathan。Lawlor03在gmail.com>

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("multiClust")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“multiClust”)

超文本标记语言	R脚本	多集群指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类，FeatureExtraction，GeneExpression，软件，生存
版本	1.28.0
在Bioconductor公司	BioC 3.3 (R-3.3)(6.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于
进口	mclust，ctc，生存，集群，dendextend，北极监测和评估方案，图形，grDevices
链接
建议	knitr，rmarkdown，gplots，RUnit，BiocGenerics，preprocessCore，Biobase，GEOquery
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	multiClust_1.28.0.tar.gz
Windows二进制	multiClust_1.28.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	multiClust_1.28.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	multiClust_1.28.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/multiClust
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ multicluster
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/multiClust/
软件包下载报告	下载数据