msqrob2

DOI:10.18129 / B9.bioc.msqrob2

定量LC-MS蛋白质组学的可靠统计推断

Bioconductor版本:发行版(3.16)

msqrob2提供了一个稳健的线性混合模型框架，用于评估基于ms的定量蛋白质组学实验中的差异丰度。我们的工作流程可以从原始肽强度或总结蛋白表达值开始。模型参数估计可以通过岭回归、经验贝叶斯方差估计和鲁棒m估计来稳定。Msqrob2的hurde工作流可以处理丢失的数据，而不必依赖于难以验证的imputation假设，并且在高丢失和低丢失的情况下都优于最先进的带有或不带有imputation的方法。它建立在定量质谱数据的QFeature基础架构上，将模型结果与原始数据和预处理数据存储在一起。

作者:Lieven Clement [aut, cre]，洛朗·加托[au]——奥利弗·m·克鲁克[作者]，阿德里安·斯蒂克[ctb]，卢格尔·戈明尼[ctb]，米兰·马尔费[ctb]，斯汀·范登布尔克[au]

维护者:Lieven Clement < Lieven。克莱门特在大学，>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“msqrob2”)

超文本标记语言	R脚本	A.无标签工作流程，两组设计
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，ExperimentalDesign，ImmunoOncology，MassSpectrometry，MultipleComparison，归一化，预处理，蛋白质组学，回归，软件，TimeCourse
版本	1.6.0
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.1)，QFeatures(> = 1.1.2)
进口	统计数据、方法lme4，purrr，BiocParallel，矩阵，质量，limma，SummarizedExperiment，MultiAssayExperiment，codetools
链接
建议	multcomp，gridExtra，knitr，BiocStyle，RefManageR，sessioninfo，rmarkdown，testthat，tidyverse，情节，msdata，MSnbase，matrixStats，MsCoreUtils，covr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/statOmics/msqrob2
BugReports	https://github.com/statOmics/msqrob2/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	msqrob2_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	msqrob2_1.6.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	msqrob2_1.6.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	msqrob2_1.6.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/msqrob2
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/msqrob2
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/msqrob2/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/msqrob2/
软件包下载报告	下载数据