msigdb

DOI:10.18129 / B9.bioc.msigdb

分子特征数据库(MSigDB)的实验包

Bioconductor版本:发行版(3.16)

这个包提供了分子特征库(MSigDB)在一个R可访问对象。签名存储在GSEABase包的GeneSet类对象中，整个数据库存储在一个GeneSetCollection对象中。这些数据随后托管在ExperimentHub上。本软件包中使用的数据来自Broad研究所的MSigDB。每个基因集的元数据与基因集一起存储在GeneSet类对象中。

作者:Dharmesh D. Bhuva [aut, cre]——戈登·k·史密斯[au]，亚历山德拉·加纳姆[au]

维护者:Dharmesh D. Bhuva < Bhuva。D at wehi.edu.au>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“msigdb”)

超文本标记语言	R脚本	msigdb
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ExperimentData，ExperimentHub，Homo_sapiens_Data，Mus_musculus_Data
版本	1.6.0
许可证	Cc乘4.0
取决于	R (>= 4.1)
进口	ExperimentHub跑龙套,GSEABase，org.Mm.eg.db，org.Hs.eg.db，AnnotationDbi，方法，统计，AnnotationHub
链接
建议	singscore，vissE，knitr，prettydoc，BiocStyle，rmarkdown，testthat(> = 3.0.0),BiocFileCache，GO.db，stringr，limma
SystemRequirements
增强了
URL	https://davislaboratory.github.io/msigdb
BugReports	https://github.com/DavisLaboratory/msigdb/issues
全靠我
进口我	vissE
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	msigdb_1.6.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)
macOS二进制文件(arm64)
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/msigdb
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/msigdb
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/msigdb/
软件包下载报告	下载数据