msPurity

DOI:10.18129 / B9.bioc.msPurity

代谢组学中基于质谱碎片的前体离子纯度自动评估

Bioconductor版本:发行版(3.16)

开发mspsecurity R软件包的目的是:1)通过评估“前体离子纯度”来评估碎片光谱的光谱质量。2)过程碎片谱。3)进行光谱匹配。什么是前体离子纯度?-我们所说的“前体离子纯度”是指在用于破碎的隔离窗口中所选前体峰的贡献的度量。简单的计算包括用所选前驱体峰值的强度除以隔离窗口的总强度。在评估MS/MS光谱时，该计算在感兴趣的MS/MS扫描前后进行，并在MS/MS采集的记录时间内插值纯度。此外，可以删除同位素峰，低丰度峰被认为对生成的MS/MS谱贡献有限，质谱计的隔离效率可用于归一化用于计算的强度。

作者:托马斯·n·劳森，拉尔夫·韦伯[上tb]，马丁·琼斯[上tb]，朱利安·圣万[上tb]，安德烈斯·扬科维奇[上tb]，马克·维昂[上tb]，沃里克·邓恩[上tb]

维护人员:Thomas N. Lawson < Thomas .nigel。劳森在gmail.com>

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" mspsecurity ")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“msPurity”)

超文本标记语言	R脚本	msPurity
超文本标记语言	R脚本	mspsecurity谱数据库模式
超文本标记语言	R脚本	mspsecurity光谱匹配
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	MassSpectrometry，代谢组学，软件
版本	1.24.0
在Bioconductor公司	BioC 3.4 (R-3.3)(6年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	Rcpp
进口	plyr，dplyr，dbplyr，magrittr，foreach平行,doSNOW，stringr，mzR，reshape2，fastcluster，ggplot2，DBI，RSQLite
链接
建议	MSnbase，testthat，xcms，BiocStyle，knitr，rmarkdown，msPurityData，相机，RPostgres，RMySQL
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/computational-metabolomics/msPurity/
BugReports	https://github.com/computational-metabolomics/msPurity/issues/new
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	msPurity_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	msPurity_1.24.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	msPurity_1.24.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	msPurity_1.23.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/msPurity
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ mspsecurity
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/msPurity/
软件包下载报告	下载数据