motifcounter

DOI:10.18129 / B9.bioc.motifcounter

在DNA序列分析TFBSs R包

Bioconductor版本:版本(3.16)

motifcounter匹配提供了主题,主题数和主题浓缩功能基于位置频率矩阵。包的主要特征包括利用高阶背景模型和占self-overlapping主题匹配在确定主题浓缩。背景模型允许捕获二核苷酸(或高阶核苷酸)成分充分可以减少模型的偏差和误导的结果相比,使用简单的GC背景模型。当进行主题浓缩分析基于主题匹配计算,包依赖于复合泊松分布或者一个组合模型。这些分布占self-overlapping主题结构以repeat-like或复发的图案,并允许确定假定值和fold-enrichment一组观察到的主题匹配。

作者:沃尔夫冈·科普(aut (cre)

维护人员:沃尔夫冈•科普<狼