missMethyl

DOI:10.18129 / B9.bioc.missMethyl

分析Illumina公司HumanMethylation BeadChip数据

Bioconductor版本:版本(3.17)

正常化,测试微分变化和差异甲基化和基因测试数据集从Illumina公司的英飞纳姆HumanMethylation数组。正常化过程subset-quantile within-array正常化(天鹅),它允许英飞纳姆I和II型探测器在一个数组一起正常化。微分变化的测试是基于经验贝叶斯列文的测试版本。RUV,差异甲基化测试执行使用政府可以调整系统误差在高维数据通过使用来历不明的负控制调查。基因本体论分析是由考虑数量的每个基因探针阵列,以及考虑到多基因探针相关联。

作者:贝琳达Phipson和Jovana Maksimovic

维护人员:贝琳达Phipson < Phipson。b在wehi.edu.au >, Jovana Maksimovic < Jovana。maksimovic petermac.org >,安德鲁·朗斯代尔<安德鲁。朗斯代尔petermac.org >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“missMethyl”)

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HTML	R脚本	missMethyl:分析Illumina公司HumanMethylation BeadChip数据
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细节

biocViews	DNAMethylation,DifferentialMethylation,GeneSetEnrichment,GeneticVariability,GenomicVariation,MethylationArray,归一化,软件
版本	1.34.0
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(8.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.6.0),IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19,IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19
进口	AnnotationDbiBiasedUrn,Biobase,BiocGenerics,GenomicRanges,GO.db,IlluminaHumanMethylation450kmanifest,IlluminaHumanMethylationEPICmanifest,IRanges,limma、方法、methylumi,minfi,org.Hs.eg.dbruv,,政府S4Vectorsstatmod stringr,SummarizedExperiment
链接
建议	BiocStyle,刨边机knitr,minfiDatarmarkdown,tweeDEseqCountData,DMRcate,ExperimentHub
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	methylationArrayAnalysis
进口我	冠军,DMRcate,餐,methylGSA
建议我	RnBeads
我的链接
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	missMethyl_1.34.0.tar.gz
Windows二进制	missMethyl_1.34.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	missMethyl_1.34.0.tgz
macOS二进制(arm64)	missMethyl_1.34.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/missMethyl
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ missMethyl
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/missMethyl/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/missMethyl/
包下载报告	下载数据