minfi

DOI:10.18129 / B9.bioc.minfi

分析Illumina公司英飞纳姆DNA甲基化数组

Bioconductor版本:版本(3.16)

工具来分析和可视化Illumina公司英飞纳姆甲基化数组。

作者:Kasper丹尼尔·汉森(cre, aut),马丁·阿尔耶前来(aut),拉斐尔·a·伊(aut),安德鲁·e·贾菲(施)Jovana Maksimovic(施),e·安德烈斯豪斯曼(施),让-菲利普•福丁(施),蒂姆Triche[所有],山诉安德鲁斯(施),彼得·f·希基(施)

维修工:Kasper丹尼尔·汉森< kasperdanielhansen gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“minfi”)

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文档

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文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation,DataImport,DifferentialMethylation,表观遗传学,ImmunoOncology,MethylationArray,微阵列,多通道,归一化,预处理,质量控制,软件,TwoChannel
版本	1.44.0
Bioconductor自	BioC 2.9 (r - 2.14)(11年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	方法,BiocGenerics(> = 0.15.3),GenomicRanges,SummarizedExperiment(> = 1.1.6),Biostrings,bumphunter(> = 1.1.9)
进口	S4Vectors,GenomeInfoDb,Biobase(> = 2.33.2),IRanges,beanplot,RColorBrewer,晶格,nor1mix,siggenes,limma,preprocessCore,illuminaio(> = 0.23.2),DelayedMatrixStats(> = 1.3.4),mclust,genefilter,nlme,重塑,质量,quadprog,data.table,GEOquery、统计、grDevices图形,跑龙套,DelayedArray(> = 0.15.16),HDF5Array,BiocParallel
链接
建议	IlluminaHumanMethylation450kmanifest(> = 0.2.0),IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19(> = 0.2.1),minfiData(> = 0.18.0),minfiDataEPIC,FlowSorted.Blood.450k(> = 1.0.1),RUnit,消化,BiocStyle,knitr,rmarkdown、工具
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/hansenlab/minfi
BugReports	https://github.com/hansenlab/minfi/issues
取决于我	BeadSorted.Saliva.EPIC,bigmelon,冠军,conumee,FlowSorted.Blood.450k,FlowSorted.Blood.EPIC,FlowSorted.CordBlood.450k,FlowSorted.CordBloodCombined.450k,FlowSorted.CordBloodNorway.450k,FlowSorted.DLPFC.450k,IlluminaHumanMethylation27kanno.ilmn12.hg19,IlluminaHumanMethylation27kmanifest,IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19,IlluminaHumanMethylation450kmanifest,IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19,IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b3.hg19,IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19,IlluminaHumanMethylationEPICmanifest,methylationArrayAnalysis,methylumi,minfiData,minfiDataEPIC,REMP,shinyMethyl
进口我	deconvR,DMRcate,