米娜

DOI:10.18129 / B9.bioc.mina

微生物群落多样性和网络分析

Bioconductor版本:版本(3.16)

越来越多的微生物基因组数据集生成和分析与快速发展的测序技术的帮助。目前,分类分析数据分析主要使用composition-based方法进行的,忽略了社区成员之间的相互作用。除此之外,缺乏有效的方法来比较微生物相互作用网络有限的社会动力学的研究。更好地理解社区的多样性是如何受到其成员之间复杂的相互作用的影响,我们开发了一个框架(微生物群落多样性和网络分析,米娜),一个全面的框架,用于微生物群落多样性分析和网络比较。通过定义和集成network-derived社区特性,我们大大减少noise-to-signal率多样性分析。一个引导和permutation-based方法实施评估社区网络的异同和提取歧视特征统计原则的方式。

作者:瑞关(aut (cre),鲁本Garrido-Oter(施)

维护人员:瑞关在mpipz.mpg.de > <关

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HTML	R脚本	微生物多样性和米娜网络分析
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细节

biocViews	软件,WorkflowStep
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(1.5年)
许可证	GPL
取决于	R (> = 4.0.0)
进口	方法、统计数据Rcpp,制程,RSpectra,apcluster,bigmemory,foreach,ggplot2平行,parallelDist,reshape2,plyr,biganalytics,stringr,Hmisc,跑龙套
链接	Rcpp,RcppParallel,RcppArmadillo
建议	knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了	doMC
URL
BugReports	https://github.com/Guan06/mina
取决于我
进口我
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包档案

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源包	mina_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	mina_1.6.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	mina_1.6.0.tgz
macOS二进制(arm64)	mina_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mina
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/米娜
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/mina/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/mina/
包下载报告	下载数据