microbiomeExplorer

DOI:10.18129 / B9.bioc.microbiomeExplorer

微生物组探索应用程序

Bioconductor版本:发行版(3.16)

MicrobiomeExplorer R包旨在促进标记基因调查特征数据的分析和可视化。它允许用户通过命令行或包中包含的交互式Shiny应用程序执行和可视化典型的微生物组分析工作流程。除了应用常见的分析工作流，该应用程序还支持自动生成分析报告。

作者:Joseph Paulson [aut]， Janina Reeder [aut, cre]， Mo Huang [aut]， Genentech [cph, fnd]

维护者:Janina Reeder

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“microbiomeExplorer”)

超文本标记语言	R脚本	microbiomeExplorer
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	分类，聚类，DifferentialExpression，GeneticVariability，ImmunoOncology，宏基因组，微生物组，MultipleComparison，归一化，测序，软件，可视化
版本	1.8.0
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(2年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	闪亮的，magrittr，metagenomeSeq，Biobase
进口	shinyjs(> = 2.0.0),shinydashboard，shinycssloaders，shinyWidgets，rmarkdown(> = 1.9.0),DESeq2，RColorBrewer，dplyr，tidyr，purrr，rlang，knitr，readr，DT(> = 0.12.0),biomformat、工具、stringr，素食主义者，matrixStats，的热图，车，扫帚，limma，reshape2，宠物猫，forcats，lubridate、方法、情节(> = 4.9.1)
链接
建议	V8，testthat(> = 2.1.0的)
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	microbiomeExplorer_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	microbiomeExplorer_1.8.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	microbiomeExplorer_1.8.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	microbiomeExplorer_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/microbiomeExplorer
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/microbiomeExplorer
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/microbiomeExplorer/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/microbiomeExplorer/
软件包下载报告	下载数据