米娅

DOI:10.18129 / B9.bioc.mia

微生物分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

mia实现了基于summarizeexperiment, singlecellexperexperiment和treesummarizeexperiment基础设施的微生物组分析工具。在分类学数据的背景下进行数据的争论和分析是主要的范围。对常用任务实现了社区指数计算和汇总等附加功能。

作者:Felix G.M. Ernst [au]， Sudarshan A. Shetty [au]， Tuomas Borman [aut, cre]， Leo Lahti [au]， Yang Cao [ctb]， Nathan D. Olson [ctb]， Levi Waldron [ctb]， Marcel Ramos [ctb]， Héctor Corrada Bravo [ctb]， Jayaram Kancherla [ctb]， Domenick Braccia [ctb]

维护者:Tuomas Borman < Tuomas .v。Borman在utu.fi>

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("mia")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

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超文本标记语言	R脚本	米娅
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DataImport，微生物组，软件
版本	1.6.0
在Bioconductor公司	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	artist -2.0 |文件许可证
取决于	R (>= 4.0)，SummarizedExperiment，SingleCellExperiment，TreeSummarizedExperiment(> = 1.99.3),MultiAssayExperiment
进口	方法，统计，效用，质量，猿，decontam，素食主义者，BiocGenerics，S4Vectors，IRanges，Biostrings，解读，BiocParallel，DelayedArray，DelayedMatrixStats，天窗，嘘，DirichletMultinomial，rlang，dplyr，宠物猫，tidyr
链接
建议	testthat，knitr，拼接而成，BiocStyle，yaml，phyloseq，dada2，stringr，biomformat，reldist，ade4，microbiomeDataSets，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/microbiome/mia
BugReports	https://github.com/microbiome/mia/issues
全靠我	miaViz
进口我	ANCOMBC，curatedMetagenomicData
建议我	CBEA，MicrobiomeBenchmarkData，philr
给我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	mia_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	mia_1.6.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	mia_1.6.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	mia_1.6.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mia
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/mia
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/mia/
软件包下载报告	下载数据