miRspongeR

DOI:10.18129 / B9.bioc.miRspongeR

识别和分析microrna的海绵监管

Bioconductor版本:版本(3.16)

这个包提供了一些功能探索microrna的海绵(也称为龙头或microrna的诱饵)监管从公认的miRNA-target交互或/和转录组数据(包括散装、单细胞基因表达和空间数据)。它提供了8个受欢迎的方法识别microrna的海绵交互,和一个综合的方法来集成microrna的海绵从不同的方法交互,以及功能验证microrna的海绵交互,并推断microrna的海绵模块,进行浓缩microrna的海绵分析模块,并进行生存分析的microrna的海绵模块。通过使用样本控制变量的策略,它提供了一个函数来推断sample-specific microrna的海绵交互。海绵的sample-specific microrna的交互,它实现了三种相似性方法构建sample-sample关联网络。

作者:Junpeng张

维护人员:张Junpeng < zhangjunpeng411 gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“miRspongeR”)

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HTML	R脚本	识别和分析microrna的海绵监管
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文本		新闻

细节

biocViews	BiomedicalInformatics,GeneExpression,微阵列,NetworkEnrichment,RNASeq,SingleCell,软件,空间,生存
版本	2.2.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(3.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	corpcor,海绵平行,igraph,制程,clusterProfiler,ReactomePA,剂量,生存grDevices,图形,统计数据,linkcomm跑龙套,Rcpp,org.Hs.eg.db,foreach,doParallel
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,testthat
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/zhangjunpeng411/miRspongeR/issues
取决于我
进口我	miRSM
建议我
我的链接
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	miRspongeR_2.2.0.tar.gz
Windows二进制	miRspongeR_2.2.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	miRspongeR_2.2.0.tgz
macOS二进制(arm64)	miRspongeR_2.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/miRspongeR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ miRspongeR
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/miRspongeR/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/miRspongeR/
包下载报告	下载数据