miQC

DOI:10.18129 / B9.bioc.miQC

用于scRNA-seq数据质量控制的灵活的概率度量

Bioconductor版本:发行版(3.16)

单细胞rna测序(scRNA-seq)已经可以在高分辨率下分析组织中的基因表达。在进行下游分析之前,一个重要的预处理步骤是使用质量控制(QC)指标识别和去除样品质量较差或退化的细胞。用于识别“低质量”细胞的两个广泛使用的QC指标是(i)如果细胞包含高比例的映射到线粒体DNA编码基因(mtDNA)的reads和(ii)如果检测到少量基因。miQC是数据驱动的QC度量,它在概率框架中联合建模映射到mtDNA的读的比例和混合模型中检测到的基因的数量,以预测给定数据集中的低质量细胞。

作者:Ariel Hippen [aut, cre], Stephanie Hicks [aut]

维护者:Ariel Hippen < Ariel。希本在gmail.com>

引文(从R内,输入引用(“miQC”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

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文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“miQC”)

超文本标记语言 R脚本 miQC
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews GeneExpression预处理质量控制测序SingleCell软件
版本 1.6.0
在Bioconductor BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证 BSD_3_clause +文件许可证
取决于 R (>= 3.5.0)
进口 SingleCellExperimentflexmixggplot2,样条函数
链接
建议 scRNAseqBiocStyleknitrrmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/greenelab/miQC
BugReports https://github.com/greenelab/miQC/issues
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包档案

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源包 miQC_1.6.0.tar.gz
Windows二进制 miQC_1.6.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) miQC_1.6.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) miQC_1.6.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/miQC
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/miQC
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/miQC/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/miQC/
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