methylscaper

DOI:10.18129 / B9.bioc.methylscaper

甲基化数据可视化

Bioconductor版本:发行版(3.16)

methylscaper是一个R包，用于处理和可视化数据，联合分析甲基化和染色质可及性(MAPit, NOMe-seq, scNMT-seq, nanoNOMe等)。该软件包支持单细胞和单分子数据，并通过生成有序表征甲基化状态矩阵来联合可视化这两种数据类型的公共接口。Shiny应用程序允许优化和重加权的交互式序列化过程，以优化细胞或DNA分子的顺序，以发现甲基化模式和核小体定位。

作者:Bacher Rhonda [aut, cre]， Parker Knight [aut]

维护者:Bacher Rhonda

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“methylscaper”)

超文本标记语言	R脚本	使用甲基scaper可视化联合甲基化和核小体占用数据
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文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation，表观遗传学，NucleosomePositioning，PrincipalComponent，SingleCell，软件，可视化
版本	1.6.0
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 4.1.0)
进口	闪亮的，shinyjs，系列化，BiocParallel，seqinr，Biostrings，Rfast， grDevices，图形，统计，utils，工具，方法，shinyFiles，data.table，SummarizedExperiment
链接
建议	knitr，rmarkdown，devtools
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	methylscaper_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	methylscaper_1.6.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	methylscaper_1.6.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	methylscaper_1.6.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methylscaper
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/methylscaper
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/methylscaper/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/methylscaper/
软件包下载报告	下载数据