Bioconductor版本:发行版(3.16)
该包为metaviz web应用程序(http://metaviz.cbcb.umd.edu)提供Websocket通信,用于宏基因组数据的交互式可视化。R/bioc交互会话中的对象可以在图中显示,数据可以使用facetzoom可视化来探索。支持基本的Bioconductor数据结构(例如,mreexperiment对象),同时提供一种简单的机制来支持其他数据结构。可视化(使用d3.js)也可以轻松地添加到web应用程序中。
作者:Hector Corrada Bravo [cre, aut], Florin Chelaru [aut], Justin Wagner [aut], Jayaram Kancherla [aut], Joseph Paulson [aut]
维护者:Hector Corrada Bravo
引文(从R内,输入引用(“metavizr”)
):
要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“metavizr”)
超文本标记语言 | R脚本 | metavizr简介 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 | |
文本 | 许可证 |
biocViews | GUI,ImmunoOncology,基础设施,宏基因组,软件,可视化 |
版本 | 1.21.0 |
在Bioconductor | BioC 3.5 (R-3.4)(5.5年) |
许可证 | MIT +文件许可证 |
取决于 | R (>= 3.4),metagenomeSeq(>= 1.17.1),方法,data.table,Biobase,消化 |
进口 | epivizr,epivizrData,epivizrServer,epivizrStandalone,素食主义者,GenomeInfoDb,phyloseq,httr |
链接 | |
建议 | knitr,BiocStyle,matrixStats,msd16s(> = 0.109.1),etec16s,testthat,gss,ExperimentHub,tidyr,rmarkdown |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | metavizr_1.21.0.tar.gz |
Windows二进制 | |
macOS二进制文件(x86_64) | |
macOS二进制文件(arm64) | |
源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/metavizr |
源存储库(开发人员访问) | Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/metavizr |
生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/metavizr/ |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/metavizr/ |
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