metaseqR2

DOI:10.18129 / B9.bioc.metaseqR2

通过组合多种统计算法,用于RNA-Seq数据的分析和结果报告的R包

Bioconductor版本:发行版(3.16)

为RNA-Seq基因表达数据提供几个标准化和统计测试包的接口。此外,它还创建了几个诊断图,通过结合几个统计测试的结果进行元分析,并以交互式方式报告结果。

作者:Panagiotis Moulos [aut, cre]

维护者:Panagiotis Moulos < Moulos at fleming.gr>

引文(从R内,输入引用(“metaseqR2”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“metaseqR2”)

超文本标记语言 R脚本 为metaseqR2构建注释数据库
超文本标记语言 R脚本 RNA-Seq数据分析与metaseqR2
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews ATACSeqAlternativeSplicingBatchEffect贝叶斯BiomedicalInformaticsCellBiologyChIPSeq聚类DataImportDifferentialExpressionDifferentialSplicing表观遗传学FunctionalGenomicsGeneExpressionGeneSetEnrichmentImmunoOncologyMultipleComparison归一化预处理ProprietaryPlatforms质量控制RNASeq回归ReportWriting测序软件SystemsBiologyTimeCourse转录转录组WorkflowStep
版本 1.10.0
在Bioconductor BioC 3.11 (R-4.0)(2.5年)
许可证 GPL (>= 3)
取决于 R (>= 4.0.0),DESeq2limmalocfit,样条函数
进口 ABSSeqbaySeqBiobaseBiocGenericsBiocParallelbiomaRtBiostringscorrplotDSSDTEDASeq刨边机genefilterGenomeInfoDbGenomicAlignmentsGenomicFeaturesGenomicRangesgplots,图形,grDevices,harmonicmeanp的热图htmltoolshttrIRangesjsonlite晶格log4rmagrittr质量矩阵、方法、NBPSeq老鸨平行,qvaluermarkdownrmdformatsRsamtoolsRSQLitertracklayerS4Vectors统计数据,stringrSummarizedExperimentsurvcomp跑龙套,维恩图vsnyaml动物园
链接
建议 BiocManagerBSgenomeknitrRMySQLRUnit
SystemRequirements
增强了 移行细胞癌
URL http://www.fleming.gr
BugReports https://github.com/pmoulos/metaseqR2/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 metaseqR2_1.10.0.tar.gz
Windows二进制 metaseqR2_1.10.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) metaseqR2_1.10.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) metaseqR2_1.10.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/metaseqR2
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/metaseqR2
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/metaseqR2/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/metaseqR2/
软件包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请细阅发布指南.将有关Bioconductor的问题发送到以下位置之一:

  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网