metagenomeSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.metagenomeSeq

稀疏高通量测序的统计分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

metagenomeSeq用于确定两个或多个样本组之间差异丰富的特征(如操作分类单元(Operational Taxanomic Unit, OTU)、物种等)。metagenomeSeq旨在解决微生物群落的标准化和不足采样对疾病关联检测和特征相关性测试的影响。

作者:Joseph Nathaniel Paulson, Nathan D. Olson, Domenick J. Braccia, Justin Wagner, Hisham Talukder, Mihai Pop, Hector Corrada Bravo

维护者:Joseph N. Paulson

引文(从R内,输入引用(“metagenomeSeq”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("metagenomeSeq")

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文档

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browseVignettes(“metagenomeSeq”)

PDF R脚本 fitTimeSeries:通过时间或位置的差异丰度分析
PDF R脚本 metagenomeSeq:稀疏高通量测序的统计分析
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 分类聚类DifferentialExpressionGeneticVariabilityImmunoOncology宏基因组微生物组MultipleComparison归一化测序软件可视化
版本 1.40.0
在Bioconductor BioC 2.12 (R-3.0)(10年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 3.0),Biobaselimmaglmnet、方法、RColorBrewer
进口 平行,matrixStatsforeach矩阵gplots,图形,grDevices,统计,utils,扳手
链接
建议 注释BiocGenericsbiomformatknitrgsstestthat(> = 0.8),素食主义者interactiveDisplayIHW
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/nosson/metagenomeSeq/
BugReports https://github.com/nosson/metagenomeSeq/issues
全靠我 etec16smetavizrmicrobiomeExplorermsd16s
进口我 benchdamicMaaslin2microbiomeDASimmicrobiomeMarker
建议我 interactiveDisplayphyloseqscTreeViz扳手
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 metagenomeSeq_1.40.0.tar.gz
Windows二进制 metagenomeSeq_1.40.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) metagenomeSeq_1.40.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) metagenomeSeq_1.40.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/metagenomeSeq
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/metagenomeSeq
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/metagenomeSeq/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/metagenomeSeq/
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