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metagene2
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DOI:10.18129 / B9.bioc.metagene2
用于产生元基因图的软件包
Bioconductor版本:发行版(3.16)
该软件包生成元基因图，以比较在选定的基因组区域组测序实验的覆盖范围。它可以用于诸如评估dna相互作用蛋白在启动子区域的结合或测量基因长度上的反义转录等分析。metagene2包可以管理分析的所有方面，从覆盖的标准化到根据实验元数据绘制图形。自举分析用于提供每个样本平均覆盖率的置信区间。
作者:Eric Fournier [cre, aut]， Charles Joly Beauparlant [aut]， Cedric Lippens [aut]， Arnaud Droit [aut]
维护者:Eric Fournier
引文(从R内，输入引用(“metagene2”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“metagene2”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | 介绍metagene2 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | 对齐，ChIPSeq，报道，遗传学，MultipleComparison，测序，软件 |
| 版本 | 1.14.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.9 (R-3.6)(3.5年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R (>= 4.0)，R6(> = 2.0),GenomicRanges，BiocParallel |
| 进口 | rtracklayer、工具、GenomicAlignments，GenomeInfoDb，IRanges，ggplot2，Rsamtools，purrr，data.table、方法、dplyr，magrittr，reshape2 |
| 链接 | |
| 建议 | BiocGenerics，RUnit，knitr，BiocStyle，rmarkdown |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/ArnaudDroitLab/metagene2 |
| BugReports | https://github.com/ArnaudDroitLab/metagene2/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | metagene2_1.14.0.tar.gz |
| Windows二进制 | metagene2_1.14.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | metagene2_1.14.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | metagene2_1.14.0.tgz |
| 源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/metagene2 |
| 源存储库(开发人员访问) | Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/metagene2 |
| 生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/metagene2/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/metagene2/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
