Megadepth
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doi：10.18129/b9.bioc.megadepth
Megadepth：Bigwig和BAM相关的公用事业
生物导体版本：版本（3.15）
此软件包提供了克里斯托弗·威尔克斯（Christopher Wilks）的Megadepth的R接口，网址为https://github.com/christopherwilks/megadepth。它对于计算大wig或BAM文件的一组基因组区域的覆盖范围特别有用。借助此软件包，您可以为您从Bigwig文件中选择区域或选择的注释来构建基本对覆盖量矩阵。Megadepth用于创建//www.anjoumacpherson.com/packages/recount3提供的原始文件。
作者：Leonardo Collado-Torres [AUT]
，David Zhang [AUT，CRE]
维护者：David Zhang
引用（从r内，输入引用（“ Megadepth”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：
if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ Megadepth”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ Megadepth”）
| html | R脚本 | Megadepth快速入门指南 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 | |
| 文本 | 安装 |
细节
| 生物浏览 | 覆盖范围，，，，DataImport，，，，预处理，，，，rnaseq，，，，软件，，，，转录组学 |
| 版本 | 1.6.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.12（R-4.0）（1。5年） |
| 执照 | 艺术2.0 |
| 要看 | |
| 进口 | xfun，utils，FS，，，，基因组机，，，，readr，，，，cmdfun，，，，dplyr，，，，马格里特 |
| 链接 | |
| 建议 | COVR，，，，尼特，，，，生物使用，，，，SessionInfo，，，，rmarkDown，，，，rtracklayer，，，，德芬德，，，，GenomeInfodB， 工具，Refmanager，，，，测试 |
| 系统要求 | Megadepth（ |
| 增强 | |
| URL | https://github.com/lieberinstitute/megadepth |
| BugReports | https://support.bioconductor.org/t/megadepth |
| 取决于我 | |
| 进口我 | 达斯珀，，，，奥德 |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | megadepth_1.6.0.tar.gz |
| Windows二进制 | megadepth_1.6.0.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | megadepth_1.6.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/megadepth |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/megadepth |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/megadepth/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
