mdp

DOI:10.18129 / B9.bioc.mdp

分子的微扰计算分数基于扰动的转录组数据样本的控制

Bioconductor版本:版本(3.17)

分子的扰动程度webtool量化样本的异质性。data.frame使数据需要包含至少两个类(控制和测试)和分配一个分数所有样品基于摄动相比,他们是如何控制。它是基于分子距离健康(Pankla et al . 2009年),通过添加选项和扩展了该算法计算z分数使用修改后的z分数(使用平均绝对偏差),改变z分数归零阈值,看看基因是最为不安的在测试与控制类。

作者:梅丽莎杆(aut),佩德罗Russo (aut)举行Nakaya (aut (cre)

维护人员:举行Nakaya < hnakaya在usp.br >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(mdp)

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HTML	R脚本	运行mdp包
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细节

biocViews	BiomedicalInformatics,微阵列,质量控制,软件,SystemsBiology,转录组
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.0)
进口	ggplot2, gridExtra、网格数据,跑龙套
链接
建议	testthat、knitr rmarkdown,fgsea,BiocManager
SystemRequirements
增强了
URL	https://mdp.sysbio.tools/
取决于我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	mdp_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	mdp_1.20.0.zip
macOS二进制(x86_64)	mdp_1.20.0.tgz
macOS二进制(arm64)	mdp_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mdp
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ mdp
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/mdp/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/mdp/
包下载报告	下载数据