mCSEA

DOI:10.18129 / B9.bioc.mCSEA

甲基化组论文认定富集分析

Bioconductor版本:版本(3.17)

识别diferentially甲基化区域(dmr)预定义区域(启动子、CpG群岛…)使用Illumina公司从人类基因组的450 k或史诗微阵列数据。提供的方法排列CpG探测器基于线性模型,包括绘图功能。

作者:乔迪Martorell-Marugan和佩德罗Carmona-Saez

维护人员:乔迪Martorell-Marugan < jmartorellm gmail.com >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“mCSEA”)

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browseVignettes (“mCSEA”)

PDF	R脚本	预定义的dmr认同mCSEA包
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文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation,DifferentialMethylation,表观遗传学,遗传学,GenomeAnnotation,ImmunoOncology,MethylationArray,微阵列,MultipleComparison,软件,TwoChannel
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.5),mCSEAdata,Homo.sapiens
进口	biomaRt,fgsea,GenomicFeatures,GenomicRanges,图形ggplot2 grDevices,Gviz,IRanges,limma、方法、并行S4Vectors统计数据,SummarizedExperiment,跑龙套
链接
建议	Biobase,BiocGenerics,BiocStyle,FlowSorted.Blood.450kknitr,leukemiasEset,minfi,minfiData、rmarkdown RUnit
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我	shinyepico
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	mCSEA_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	mCSEA_1.20.0.zip
macOS二进制(x86_64)	mCSEA_1.20.0.tgz
macOS二进制(arm64)	mCSEA_1.19.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mCSEA
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ mCSEA
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/mCSEA/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/mCSEA/
包下载报告	下载数据