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lisaClust
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DOI:10.18129 / B9.bioc.lisaClust
lisaClust:空间关联的局部指标聚类
Bioconductor版本:发行版(3.16)
lisaClust提供了一系列功能来识别和可视化细胞类型之间空间关联相似的组织区域。此包可用于在以单细胞分辨率分割的多路成像数据中提供细胞类型共定位的高级摘要。
作者:Ellis Patrick [aut, cre]， Nicolas Canete [aut]
维护者:Ellis Patrick < Ellis。Patrick在syney.edu.au>报道
引文(从R内，输入引用(“lisaClust”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“lisaClust”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | lisaClust介绍 |
| 参考手册 |
细节
| biocViews | CellBasedAssays，SingleCell，软件，空间 |
| 版本 | 1.6.1 |
| 在Bioconductor | BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年) |
| 许可证 | GPL (> = 2) |
| 取决于 | R (>= 4.0) |
| 进口 | ggplot2，类，concaveman、网格BiocParallel，spatstat.explore，spatstat.geom，BiocGenerics，S4Vectors、方法、spicyR，purrr统计数据,data.table，dplyr，tidyr，SingleCellExperiment，SpatialExperiment，SummarizedExperiment，pheatmap |
| 链接 | |
| 建议 | BiocStyle，knitr，rmarkdown |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| BugReports | https://github.com/ellispatrick/lisaClust/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | lisaClust_1.6.1.tar.gz |
| Windows二进制 | lisaClust_1.6.1.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | lisaClust_1.6.1.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | lisaClust_1.6.1.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/lisaClust |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/lisaClust |
| 生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/lisaClust/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/lisaClust/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
| BioC 3.16的旧源包 | 源存档 |
