kissDE

DOI:10.18129 / B9.bioc.kissDE

检索Condition-Specific变体RNA-Seq数据

Bioconductor版本:版本(3.17)

检索condition-specific变体RNA-seq数据(SNVs, alternative-splicings indels)。已经开发的后处理KisSplice,但也可以使用用户自己的数据。

作者:克拉拉Benoit-Pilven (aut),卡米尔Marchet (aut),贾尼斯Kielbassa (aut),莉莉娅·Brinza (aut) Audric科隆(aut) Aurelie Siberchicot (aut (cre),文森特Lacroix (aut),弗兰克·皮卡德(施),洛朗•雅各布(施),文森特德国美诺公司(施)

维护人员:Aurelie Siberchicot < Aurelie。在univ-lyon1.fr siberchicot >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“kissDE”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“kissDE”)

PDF	R脚本	kissDE.pdf
PDF		参考手册

细节

biocViews	AlternativeSplicing,DifferentialSplicing,ExperimentalDesign,GenomicVariation,RNASeq,软件,转录组
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于
进口	aods3,Biobase,DESeq2,DSSggplot2 gplots,图形、grDevices matrixStats,统计,跑龙套,foreach, doParallel,平行的,闪亮的,shinycssloaders ade4, factoextra, DT
链接
建议	BiocStyle,testthat
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	kissDE_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	kissDE_1.20.0.zip
macOS二进制(x86_64)	kissDE_1.20.0.tgz
macOS二进制(arm64)	kissDE_1.19.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/kissDE
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ kissDE
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/kissDE/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/kissDE/
包下载报告	下载数据