烤肉串

DOI:10.18129 / B9.bioc.kebabs

基于核的生物序列分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

该软件包提供了通过基于支持向量机的方法对DNA、RNA和氨基酸序列进行基于核的分析的功能。作为核心功能，kebabs实现了以下序列核:谱核、错配核、gappy对核和基序核。除了有效地实现标准的位置无关功能外，内核还以一种新颖的方式进行扩展，以便将模式的位置考虑到相似性度量中。由于核公式的灵活性，其他的核如加权度核或位置加权不变的移位加权度核都被作为特例加入。特定于注释的内核变体使用沿着序列放置的注释信息和序列中的模式。该包允许为所有可用的内核生成内核矩阵或显式特征表示，以密集或稀疏的格式，这些内核可以与其他R包中实现的方法一起使用。通过关注基于SVM的方法，kebabs提供了一个框架，该框架简化了kernlab、e1071和LiblineaR中现有SVM实现的使用。可以统一使用二进制和多类分类以及回归任务，而不必处理所选支持向量机的不同功能、参数和格式。作为选择超参数的支持，该包提供了交叉验证——包括分组交叉验证、网格搜索和模型选择功能。为了更容易地从生物学角度解释结果，该包计算了所有支持向量机和预测配置文件的特征权重，显示了单个序列位置对预测结果的贡献，并表明了序列部分与学习结果和基础生物学功能的相关性。

作者:约翰金棕榈奖

维护者:Ulrich Bodenhofer < Bodenhofer at bioinfo .jku.at>

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("kebabs")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

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PDF	R脚本	KeBABS -一个基于核的生物序列分析的R包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类，聚类，回归，软件，SupportVectorMachine
版本	1.32.0
Bioconductor自	bio 3.0 (R-3.1)(8年)
许可证	GPL (> = 2.1)
取决于	R (> = 3.3.0),Biostrings(> = 2.35.5),kernlab
进口	方法、统计数据Rcpp(> = 0.11.2),矩阵(1.5 > = 0),XVector(> = 0.7.3),S4Vectors(> = 0.27.3),e1071，LiblineaR，图形，grDevices, utils，apcluster
链接	IRanges，XVector，Biostrings，Rcpp，S4Vectors
建议	SparseM，Biobase，BiocGenerics，knitr
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.bioinf.jku.at/software/kebabs/https://github.com/UBod/kebabs
取决于我	procoil
进口我	odseq
建议我	有尖刺的
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	kebabs_1.32.0.tar.gz
Windows二进制	kebabs_1.32.0.zip
macOS二进制(x86_64)	kebabs_1.32.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/kebabs
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/烤肉串
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/kebabs/
包下载报告	下载数据