imcdatasets

DOI:10.18129 / B9.bioc.imcdatasets

收集公开的成像质量血细胞计数(IMC)数据集

Bioconductor版本:版本(3.16)

imcdatasets包提供公开的IMC数据集。IMC是一种技术,使测量> 40蛋白质组织部分。生成的图像可以分割提取单个细胞数据。数据集通常包含三个元素:SingleCellExperiment对象包含单个细胞数据,CytoImageList对象包含多通道图像和CytoImageList对象包含细胞面具被用来提取单个细胞的数据图像。

作者:尼古拉斯Damond (aut (cre),Nils鄂陵湖(施),费舍尔嘉娜(施)

维护人员:尼古拉斯Damond <尼古拉斯。在dqbm.uzh.ch damond >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“imcdatasets”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“imcdatasets”)

HTML	R脚本	访问IMC数据集
HTML	R脚本	贡献原则和数据格式
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	ExperimentData,ExperimentHub,Homo_sapiens_Data,ImmunoOncologyData,PackageTypeData,ReproducibleResearch,SingleCellData,SpatialData,TechnologyData,组织
版本	1.6.0
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (> = 4.2),SingleCellExperiment,SpatialExperiment,cytomapper
进口	方法,跑龙套,ExperimentHub,S4Vectors,DelayedArray,HDF5Array
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,减价,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/BodenmillerGroup/imcdatasets
BugReports	https://github.com/BodenmillerGroup/imcdatasets/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	imcdatasets_1.6.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/imcdatasets
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ imcdatasets
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/imcdatasets/
包下载报告	下载数据