igvR

DOI:10.18129 / B9.bioc.igvR

igvR:整合基因组学查看器

Bioconductor版本:版本(3.17)

对进口的访问。js,整合基因组学查看器中运行一个web浏览器。

作者:保罗·香农

维修工:保罗·香农< paul.thurmond。香农在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“igvR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“igvR”)

HTML	R脚本	探索CTCF ChIP-seq比对,MACS2 narrowPeaks,主题匹配和H3K4me3甲基化
HTML	R脚本	GWAS跟踪
HTML	R脚本	简介:一个简单的演示
HTML	R脚本	获取和显示H3K27ac K562 AnnotationHub跟踪
HTML	R脚本	获取和显示H3K4Me3 K562跟踪从浏览器UCSC的表
HTML	R脚本	Paired-end交互跟踪
HTML	R脚本	使用一个定制的基因组
HTML	R脚本	使用一个股票基因组
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GenomeBrowsers,软件,ThirdPartyClient,可视化
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.5.0),GenomicRanges,GenomicAlignments,BrowserViz(> = 2.17.1)
进口	方法,BiocGenericshttpuv跑龙套,rtracklayer,VariantAnnotation、RColorBrewer httr
链接
建议	RUnit,BiocStyleknitr rmarkdown,MotifDb,seqLogo
SystemRequirements
增强了
URL	https://paul-shannon.github.io/igvR/
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	igvR_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	igvR_1.20.0.zip
macOS二进制(x86_64)	igvR_1.20.0.tgz
macOS二进制(arm64)	igvR_1.19.7.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/igvR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ igvR
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/igvR/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/igvR/
包下载报告	下载数据