理想的

DOI:10.18129 / B9.bioc.ideal

互动的微分表达式分析

Bioconductor版本:版本(3.16)

这个包提供了一个交互式函数微分表达式RNA-sequencing数据集的分析,快速和有效地提取信息下游微分表达式的一步。一个闪亮的应用程序封装整个包。

作者:费德里科•马里尼(aut (cre)

维护人员:费德里科•马里尼< marinif在uni-mainz.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“理想”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“理想”)

HTML	R脚本	理想的用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DifferentialExpression,GUI,GeneExpression,GeneSetEnrichment,ImmunoOncology,质量控制,RNASeq,ReportWriting,测序,软件,可视化
版本	1.22.0
Bioconductor自	BioC 3.5 (r - 3.4)(5.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	topGO
进口	DESeq2,SummarizedExperiment,GenomicRanges,IRanges,S4Vectors,ggplot2(> = 2.0.0),的热图,情节,pheatmap,pcaExplorer,IHW,gplots,UpSetR,goseq,stringr,dplyr,limma,GOstats,GO.db,AnnotationDbi,闪亮的(> = 0.12.0),shinydashboard,shinyBS,DT,rentrez,rintrojs,rlang,ggrepel,knitr,rmarkdown,shinyAce,BiocParallelgrDevices,base64enc、方法
链接
建议	testthat,BiocStyle,气道,org.Hs.eg.db,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene,反编排,刨边机
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/federicomarini/idealhttps://federicomarini.github.io/ideal/
BugReports	https://github.com/federicomarini/ideal/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ideal_1.22.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)	ideal_1.22.0.tgz
macOS二进制(arm64)	ideal_1.22.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ideal
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/理想
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/ideal/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ideal/
包下载报告	下载数据