iasva

DOI:10.18129 / B9.bioc.iasva

迭代调整代理变量分析

Bioconductor版本:版本(3.17)

迭代调整代理变量分析(IA-SVA)是一个统计框架发现隐藏的变异来源,即使这些来源是相关的。IA-SVA提供了一个灵活的方法我)确定一个不必要的异质性的隐藏因素而调整了所有已知的因素;ii)测试的意义的假定的隐藏因素解释了未建模的变化数据;和iii),如果重要,使用估计因子作为下一次迭代的其他已知因素进一步揭示隐藏的因素。

作者:Donghyung李(aut (cre),安东尼程(aut),内森软件(aut) Duygu Ucar (aut)

维护人员:李Donghyung < Donghyung。李在jax.org >,安东尼程<安东尼。程在jax.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“iasva”)

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文档

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browseVignettes (“iasva”)

HTML	R脚本	检测单细胞RNA-Seq数据中隐藏的异质性
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BatchEffect,FeatureExtraction,ImmunoOncology,预处理,质量控制,RNASeq,软件,StatisticalMethod
版本	1.18.0
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(4.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.5)
进口	irlba、统计、集群、图形SummarizedExperiment,BiocParallel
链接
建议	knitr、testthat rmarkdown,股东价值分析,pheatmap Rtsne corrplot、DescTools RColorBrewer
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	iasva_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	iasva_1.18.0.zip
macOS二进制(x86_64)	iasva_1.18.0.tgz
macOS二进制(arm64)	iasva_1.18.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/iasva
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ iasva
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/iasva/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/iasva/
包下载报告	下载数据