hiAnnotator

DOI:10.18129 / B9.bioc.hiAnnotator

注释GRanges对象的函数

Bioconductor版本:发行版(3.16)

hiAnnotator包含一组函数,允许用户使用自定义的注释集注释GRanges对象。这个包的基本原理是使用两个具有公共序列名集(即染色体)的GRanges对象(query & subject),并从匹配序列名和主题(即基因或cpg岛)的查询中返回每个序列名和行相关的注释。该包提供了三种类型的注释函数,用于计算查询中的位置是:在一个特征内,靠近一个特征,还是在定义的窗口大小中计算特征。此外,每个功能都配备了并行后端,以利用foreach包。此外,该包还配备了包装器函数,用于从公共数据帧中查找生成GRanges对象所需的适当列。

作者:Nirav V Malani

维护者:Nirav V Malani

引文(从R内,输入引用(“hiAnnotator”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“hiAnnotator”)

超文本标记语言 R脚本 使用hiAnnotator
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文本 新闻

细节

biocViews 注释软件
版本 1.32.0
在Bioconductor BioC 3.0 (R-3.1)(8.5年)
许可证 GPL (>= 2)
取决于 GenomicRanges, r (>= 2.10)
进口 foreach迭代器rtracklayerdplyrBSgenomeggplot2尺度、方法
链接
建议 knitrdoParalleltestthatBiocGenerics减价
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我 hiReadsProcessor
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 hiAnnotator_1.32.0.tar.gz
Windows二进制 hiAnnotator_1.32.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64) hiAnnotator_1.32.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) hiAnnotator_1.32.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/hiAnnotator
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/hiAnnotator
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/hiAnnotator/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/hiAnnotator/
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