石墨

DOI:10.18129 / B9.bioc.graphite

路径拓扑环境的相互作用

Bioconductor版本:发行版(3.16)

路径拓扑的图对象来源于KEGG、Panther、PathBank、PharmGKB、Reactome SMPDB和WikiPathways数据库。

作者:Gabriele Sales [cre], Enrica Calura [aut], Chiara Romualdi [aut]

维护者:Gabriele Sales < Gabriele。销售unipd.it >

引用(从R中,输入引用(石墨)):

安装

要安装此包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("graphite")

对于较老版本的R,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请从R开始并输入:

browseVignettes(石墨)

PDF R脚本 路径拓扑环境的相互作用
PDF metabolites.pdf
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews GraphAndNetworkKEGG代谢组学网络通路Reactome软件ThirdPartyClient
版本 1.44.0
Bioconductor自 BioC 2.9 (R-2.14)(11年)
许可证 AGPL-3
取决于 R(>= 4.2),方法
进口 AnnotationDbi(> = 1.67.1),httrrappdirs,统计,utils,图形,rlangpurrr
链接
建议 使彻底失败a4Preproc所有BiocStyle限幅器codetoolshgu133plus2.dbhgu95av2.db嫁祸于knitrorg.Hs.eg.db平行,R.rspRCy3rmarkdownSPIA(> = 2.2),testthattopologyGSA(> = 1.4.0)
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/sales-lab/graphite
BugReports https://github.com/sales-lab/graphite/issues
取决于我 PoTRA
进口我 dceEnrichmentBrowsermogsamultiGSEAReactomePAsSNAPPYStarBioTrek
建议我 限幅器InterCellarmetaboliteIDmapping
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包 graphite_1.44.0.tar.gz
Windows二进制 graphite_1.44.0.zip
macOS二进制(x86_64) graphite_1.44.0.tgz
macOS二进制(arm64) graphite_1.43.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/graphite
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/石墨
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/graphite/
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