制粒机

DOI:10.18129 / B9.bioc.granulator

大量RNA-seq数据硅反褶积方法的快速基准测试

Bioconductor版本:发行版(3.16)

造粒器是一个R包，用于基于大量RNA-seq数据或单细胞RNA-seq表达谱的异质组织的细胞类型反卷积。该软件包提供了一个统一的测试接口，以快速运行和基准测试多种最先进的反褶积方法。数据反褶积的外周血单个核细胞(pmcs)到个别的免疫细胞类型，以及提供。

作者:Sabina Pfister [aut, cre]， Vincent Kuettel [aut]， Enrico Ferrero [aut]

维护者:Sabina Pfister < Sabina。Pfister在novarti.com >

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(制粒机)

超文本标记语言	R脚本	用造粒器解压缩大量RNA-seq数据
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文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，GeneExpression，RNASeq，回归，SingleCell，软件，StatisticalMethod，转录组
版本	1.6.0
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.1)
进口	cowplot，e1071，epiR，dplyr，dtangle，ggplot2，ggplotifygrDevices,limSolve，magrittr，质量，nnls平行,pheatmap，purrr，rlang统计数据,宠物猫，tidyr,跑龙套
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/xanibas/granulator
BugReports	https://github.com/xanibas/granulator/issues
全靠我
进口我
建议我	deconvR
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	granulator_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	granulator_1.6.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	granulator_1.6.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	granulator_1.6.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/granulator
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/granulator
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/granulator/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/granulator/
软件包下载报告	下载数据