glmGamPoi

DOI:10.18129 / B9.bioc.glmGamPoi

适合Gamma-Poisson广义线性模型

Bioconductor版本:版本(3.17)

符合线性模型overdispersed计数数据。包可以估计overdispersion和适合重复模式矩阵的输入。输入它的目的是处理大型数据集时通常发生在单细胞RNA-seq实验。

作者:江诗丹顿Ahlmann-Eltze (aut (cre)迈克尔·爱(施)

维护人员:江诗丹顿Ahlmann-Eltze < artjom31415 googlemail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“glmGamPoi”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“glmGamPoi”)

HTML	R脚本	glmGamPoi快速入门
HTML	R脚本	Pseudobulk和微分表达式
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	RNASeq,回归,SingleCell,软件
版本	1.12.1
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(3年)
许可证	GPL-3
取决于
进口	Rcpp,DelayedMatrixStatsmatrixStats,MatrixGenerics,DelayedArray,HDF5Array,SummarizedExperiment,SingleCellExperiment,BiocGenerics、方法、统计跑龙套,样条函数,rlang vctrs
链接	Rcpp RcppArmadillo,beachmat
建议	testthat(> =魅惑,动物园,DESeq2,刨边机,limma,beachmat、质量、statmod ggplot2长椅上,BiocParallelknitr rmarkdown,BiocStyle,TENxPBMCData,muscData,食物矩阵,dplyr
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL	https://github.com/const-ae/glmGamPoi
BugReports	https://github.com/const-ae/glmGamPoi/issues
取决于我
进口我	BASiCStan,transformGamPoi
建议我	DESeq2
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	glmGamPoi_1.12.1.tar.gz
Windows二进制	glmGamPoi_1.11.7.zip
macOS二进制(x86_64)	glmGamPoi_1.12.1.tgz
macOS二进制(arm64)	glmGamPoi_1.12.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/glmGamPoi
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ glmGamPoi
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/glmGamPoi/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/glmGamPoi/
包下载报告	下载数据
老BioC 3.17源码包	源存档