ggtree

DOI:10.18129 / B9.bioc.ggtree

一个用于树和注释数据可视化的R包

Bioconductor版本:Release (3.15)

'ggtree'扩展了'ggplot2'绘图系统,实现了图形语法。“ggtree”用于系统发育树和其他树形结构及其注释数据的可视化和注释。

作者:余光创[aut, cre, cph]、林赞玉[aut, ths]、徐双斌[aut]、李林[ctb]、Bradley Jones [ctb]、Justin Silverman [ctb]、Watal M. Iwasaki [ctb]、夏永和[ctb]、黄瑞珠[ctb]

维护人员:guangchuangyu

引文(从R内,输入引用(“ggtree”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“ggtree”)

超文本标记语言 R脚本 ggtree
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 对齐注释聚类DataImportMultipleSequenceAlignment系统发生学ReproducibleResearch软件可视化
版本 3.4.1
在Bioconductor BioC 3.1 (R-3.2)(7年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 3.5.0)
进口 aplotdplyrggplot2(>= 3.0.0), grid,magrittr、方法、purrrrlangggfun(> = 0.0.6),yulab.utilstidyrtidytree(> = 0.3.9),treeio(>= 1.8.0), utils,尺度
链接
建议 emojifontggimageggplotifyshadowtextgrDevices,knitrprettydocrmarkdown统计数据,testthat宠物猫胶水
SystemRequirements
增强了
URL https://yulab-smu.top/treedata-book/(书)http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/2041 - 210 x.12628(纸)
BugReports https://github.com/YuLab-SMU/ggtree/issues
全靠我 tanggle
进口我 cogeqcenrichplotggmsaggtreeExtraLinTIndLymphoSeqmiaVizmicrobiomeMarkerMicrobiotaProcessorthogenephilrsingleCellTKsitePathsystemPipeToolstreekoR
建议我 compcodeRTreeAndLeaftreeioTreeSummarizedExperimentuniversalmotif
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 ggtree_3.4.1.tar.gz
Windows二进制 ggtree_3.4.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra) ggtree_3.4.1.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ggtree
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ggtree
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/ggtree/
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