geva

DOI:10.18129 / B9.bioc.geva

基因表达变异分析(GEVA)

Bioconductor版本:发行版(3.16)

统计方法评估差异表达(DE)在多种生物条件之间的变化。它考虑了以前使用大规模数据的微分表达式(DE)结果的折叠变化和p值。*，微阵列和RNA-seq)，并评估哪些基因会对不同的实验做出反应。该评估涉及一套独特的统计方法，包括加权总结、分位数检测、聚类分析和方差分析检验，以便对DE与某些生物因素相似或依赖的相关基因子集进行分类。

作者:Itamar José Guimarães Nunes [aut, cre]，穆里洛·扎尼尼大卫[ctb]，布鲁诺César费尔特斯[ctb]，马西奥·多恩[ctb]

维护者:Itamar José Guimarães Nunes

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“geva”)

PDF	R脚本	GEVA
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类，DifferentialExpression，GeneExpression，微阵列，MultipleComparison，RNASeq，软件，SystemsBiology，转录组
版本	1.6.0
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	LGPL-3
取决于	R (>= 4.1)
进口	grDevices，图形，方法，统计，utils，dbscan，fastcluster，matrixStats
链接
建议	devtools，knitr，rmarkdown，roxygen2，limma，topGO，testthat(> = 3.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/sbcblab/geva
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	geva_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	geva_1.6.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	geva_1.6.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	geva_1.6.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/geva
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/geva
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/geva/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/geva/
软件包下载报告	下载数据