- 家
- Bioconductor 3.17
- 软件包
- gep2pep
gep2pep
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DOI:10.18129 / B9.bioc.gep2pep
创建和分析途径表达谱(pep)
Bioconductor版本:版本(3.17)
途径表达谱(pep)是基于路径的表达(定义为组基因)而不是单个基因。这个包将基因表达谱转换成活力并执行两通路富集分析和实验条件,如“药物组富集分析”和“gene2drug”药物发现分别分析。
作者:弗朗西斯科·纳波利塔诺在gmail.com < franapoli >
维护人员:弗朗西斯科·纳波利塔诺< franapoli gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“gep2pep”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“gep2pep”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“gep2pep”)
| HTML | R脚本 | 介绍gep2pep |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | DifferentialExpression,DimensionReduction,去,GeneExpression,GeneSetEnrichment,通路,软件 |
| 版本 | 1.20.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.7 (r - 3.5)(5年) |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | |
| 进口 | foreach回购(> = 2.1.1),统计,跑龙套,GSEABase、方法、Biobase、XML、rhdf5,消化,迭代器 |
| 链接 | |
| 建议 | WriteXLS、testthat knitr rmarkdown |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | gep2pep_1.20.0.tar.gz |
| Windows二进制 | gep2pep_1.20.0.zip |
| macOS二进制(x86_64) | gep2pep_1.20.0.tgz |
| macOS二进制(arm64) | gep2pep_1.19.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gep2pep |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ gep2pep |
| Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/gep2pep/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/gep2pep/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
