genomation

DOI:10.18129 / B9.bioc.genomation

基因组数据汇总、注释和可视化

Bioconductor版本:发行版(3.16)

基因组间隔的总结和注释包。用户可以可视化和量化预定义功能区域的基因组间隔，如启动子、外显子、内含子等。基因组间隔表示具有确定的染色体位置的区域，这可能与分数相关，例如HT-seq实验的对齐读数、TF结合位点、甲基化分数等。该软件包可以使用任何表格基因组特征数据，只要它有最少的基因组间隔的位置信息。此外，它可以使用BAM或BigWig文件作为输入。

作者:Altuna Akalin [aut, cre]， Vedran Franke [aut, cre]， Katarzyna wreck zycka [aut]， Alexander Gosdschan [ctb]， Liz Ing-Simmons [ctb]， Bozena Mika-Gospodorz [ctb]

维护者:Altuna Akalin ， Vedran Franke ， Katarzyna wreck zycka

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" genome ")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“genomation”)

超文本标记语言	R脚本	genomation
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，CpGIsland，测序，软件，可视化
版本	1.30.0
在Bioconductor	BioC 3.1 (R-3.2)(7.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 3.5.0)，网格
进口	Biostrings(> = 2.47.6),BSgenome(> = 1.47.3),data.table，GenomeInfoDb，GenomicRanges(> = 1.31.8),GenomicAlignments(> = 1.15.6),S4Vectors(> = 0.17.25),ggplot2，gridBase，嫁祸于，IRanges(> = 2.13.12),matrixStats，方法，并行，plotrix，plyr，readr，reshape2，Rsamtools(> = 1.31.2),seqPattern，rtracklayer(> = 1.39.7),Rcpp(> = 0.12.14)
链接	Rcpp
建议	BiocGenerics，genomationData，knitr，RColorBrewer，rmarkdown，RUnit
SystemRequirements
增强了
URL	http://bioinformatics.mdc-berlin.de/genomation/
BugReports	https://github.com/BIMSBbioinfo/genomation/issues
全靠我
进口我	CexoR，EpiCompare，fCCAC，美国广播公司
建议我	methylKit
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	genomation_1.30.0.tar.gz
Windows二进制	genomation_1.30.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	genomation_1.30.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	genomation_1.30.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/genomation
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ genome
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/genomation/
软件包下载报告	下载数据