genefilter

DOI:10.18129 / B9.bioc.genefilter

genefilter:筛选基因高通量实验的方法

Bioconductor版本:版本(3.15)

一些基本的功能筛选基因。

作者:罗伯特先生,文森特·j·凯里,沃尔夫冈•休伯Florian Hahne

维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“genefilter”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“genefilter”)

PDF	R脚本	01——使用genefilter函数过滤基因微阵列数据集
PDF	R脚本	02——如何找到基因的表达谱相似的特定基因
PDF	R脚本	03 -额外的情节:独立过滤增加功率检测差异表达基因,Bourgon et al ., PNAS (2010)
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	微阵列,软件
版本	1.78.0
Bioconductor自	BioC 1.6 (r - 2.1)或更早(> 17年)
许可证	艺术- 2.0
取决于
进口	BiocGenerics,AnnotationDbi,注释,Biobase、图形、方法、统计数据生存,grDevices
链接
建议	类,hgu95av2.db,tkWidgets,所有,中华民国,RColorBrewer,BiocStyle,knitr
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	cellHTS2,CNTools,GeneMeta,Hiiragi2013,maEndToEnd,rnaseqGene,SISPA,股东价值分析
进口我	a4Base,annmap,arrayQualityMetrics,类别,cbaf,countsimQC,covRNA,DESeq2,DEXSeq,ENmix,FlowSorted.Blood.EPIC,GISPA,GSRI,IHWpaper,metaseqR2,methylCC,methylumi,minfi,MLInterfaces,mogsa,NBAMSeq,NxtIRFcore,pcaExplorer,PECA,phenoTest,protGear,pwrEWAS,林格,RNAinteractMAPK,spatialHeatmap,tilingArray,XDE,zinbwave
建议我	注释,生命网络,BloodCancerMultiOmics2017,categoryCompare,ClassifyR,clusterStab,codelink,可乐,compcodeR,curatedBladderData,curatedCRCData,curatedOvarianData,DelayedArray,EnrichedHeatmap,factDesign,ffpe,ffpeExampleData,gageData,GenoGAM,GenomicFiles,GOstats,GSAR,GSEAlm,GSVA,logicFS,光民,MAQCsubset,MMUPHin,npGSEA,益生元,phyloseq,pvac,qpgraph,RforProteomics,rheumaticConditionWOLLBOLD,rtracklayer,siggenes,simplifyEnrichment,Single.mTEC.Transcriptomes,TCGAbiolinks,topGO
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	genefilter_1.78.0.tar.gz
Windows二进制	genefilter_1.78.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	genefilter_1.78.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/genefilter
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ genefilter
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/genefilter/
包下载报告	下载数据