gdsfmt

DOI:10.18129 / B9.bioc.gdsfmt

CoreArray基因组数据结构(GDS)文件的接口

Bioconductor版本:发行版(3.16)

为CoreArray基因组数据结构(GDS)数据文件提供一个高级的R接口。GDS具有跨平台的可移植性，具有分层结构，可存储多个可伸缩的面向数组的数据集和元数据信息。它适用于大规模数据集，特别是那些比可用的随机访问存储器大得多的数据。gdsfmt包提供了专门为小于8位的整数设计的高效操作，因为二倍体基因型，如单核苷酸多态性(SNP)，通常占用的比特数少于一个字节。数据压缩和解压缩是相对有效的随机访问。它还允许与包并行支持的多个R进程并行读取GDS文件。

作者:郑秀文[aut, cre]， Stephanie Gogarten [ctb]， Jean-loup gally和Mark Adler [ctb](用于包含的zlib源代码)，Yann Collet [ctb](用于包含的LZ4源代码)，xz contributor [ctb](用于包含的libzma源代码)

维护人员:郑秀文

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“gdsfmt”)

超文本标记语言	R脚本	GDS格式简介
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，基础设施，软件
版本	1.34.0
在Bioconductor公司	bio 3.0 (R-3.1)(8年)
许可证	LGPL-3
取决于	R(>= 2.15.0)，方法
进口
链接
建议	平行,消化，矩阵，蜡笔，RUnit，knitr，减价，rmarkdown，BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/zhengxwen/gdsfmt
BugReports	https://github.com/zhengxwen/gdsfmt/issues
全靠我	bigmelon，GDSArray，SAIGEgds，SCArray，SeqArray，SNPRelate
进口我	CNVRanger，GBScleanR，《创世纪》，ggmanh，GWASTools，SeqSQC，SeqVarTools，VariantExperiment
建议我	AnnotationHub，HIBAG
给我的链接	SeqArray，SNPRelate
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	gdsfmt_1.34.0.tar.gz
Windows二进制	gdsfmt_1.34.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	gdsfmt_1.34.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	gdsfmt_1.33.1.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gdsfmt
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/gdsfmt
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/gdsfmt/
软件包下载报告	下载数据