flowcatchR

DOI:10.18129 / B9.bioc.flowcatchR

工具来分析体内显微镜成像数据集中在跟踪流动的血液细胞

Bioconductor版本:版本(3.17)

flowcatchR是一组工具来分析体内显微镜成像数据,重点跟踪流动的血液细胞。指导的步骤从分割的计算功能,过滤粒子不感兴趣的,也提供了一套工具来帮助检查执行操作的质量(如分割是多好)。它允许调查的问题跟踪流动细胞如血管,对粒子进行分类在流动,轧制和附着。这个分类是应用研究的现象,比如止血和血栓形成的研究发展。此外,flowcatchR提出了一个集成的工作流解决方案,基于与闪亮的应用集成和Jupyter笔记本,交付和包,可以完全复制bioimage分析R环境。

作者:费德里科•马里尼(aut (cre)

维护人员:费德里科•马里尼< marinif在uni-mainz.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“flowcatchR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“flowcatchR”)

HTML	R脚本	时间流逝flowcatchR:跟踪和分析细胞显微图像
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	CellBiology,分类,GUI,基础设施,ShinyApps,软件,可视化
版本	1.34.0
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(8.5年)
许可证	BSD_3_clause +文件许可证
取决于	R(> = 2.10),方法,EBImage
进口	colorRamps abind,BiocParallel、图表、数据、跑龙套,阴谋,有光泽
链接
建议	BiocStyle、knitr rmarkdown
SystemRequirements	ImageMagick
增强了
URL	https://github.com/federicomarini/flowcatchRhttps://federicomarini.github.io/flowcatchR/
BugReports	https://github.com/federicomarini/flowcatchR/issues
取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	flowcatchR_1.34.0.tar.gz
Windows二进制	flowcatchR_1.34.0.zip
macOS二进制(x86_64)	flowcatchR_1.34.0.tgz
macOS二进制(arm64)	flowcatchR_1.33.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/flowcatchR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ flowcatchR
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/flowcatchR/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/flowcatchR/
包下载报告	下载数据