fgsea

DOI:10.18129 / B9.bioc.fgsea

快速基因集富集分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

该软件包实现了快速基因集富集分析的算法。使用快速算法可以进行更多的排列,并获得更细粒度的p值,这允许使用准确的标准方法进行多个假设修正。

作者:Gennady Korotkevich [aut], Vladimir Sukhov [aut], Nikolay Budin [ctb], Alexey Sergushichev [aut, cre]

维护人员:Alexey Sergushichev

引文(从R内,输入引用(“fgsea”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“fgsea”)

超文本标记语言 R脚本 geseca-tutorial
超文本标记语言 R脚本 使用fgsea包
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DifferentialExpressionGeneExpressionGeneSetEnrichment通路软件
版本 1.24.0
在Bioconductor BioC 3.4 (R-3.3)(6年)
许可证 MIT +文件许可证
取决于 R (>= 3.3)
进口 Rcppdata.tableBiocParallel统计数据,ggplot2(> = 2.2.0),cowplot、网格fastmatch矩阵,跑龙套
链接 Rcpp黑洞
建议 testthatknitrrmarkdownreactome.dbAnnotationDbi平行,org.Mm.eg.dblimmaGEOquerymsigdbr聚合
SystemRequirements c++ 11
增强了
URL https://github.com/ctlab/fgsea/
BugReports https://github.com/ctlab/fgsea/issues
全靠我 gseanmetaponePPInfer
进口我 ASpediaFIATACCoGAPSBioNARCelliDCEMiToolclustifyrcTRAP剂量EventPointerfobitoolslipidrmCSEAmultiGSEA纳米管omicsViewerphantasus钢琴RegEnrichsignatureSearchViSEAGO
建议我 Cepo解耦gCrisprToolsmdpparegπ麻雀ttgsea
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 fgsea_1.24.0.tar.gz
Windows二进制 fgsea_1.24.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) fgsea_1.24.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) fgsea_1.23.4.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/fgsea
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/fgsea
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/fgsea/
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  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网