fedup

DOI:10.18129 / B9.bioc.fedup

用户定义路径的充实和耗尽的Fisher检验

Bioconductor版本:发行版(3.16)

一个R包，使用Fisher精确测试测试用户定义路径的充实和耗尽。该方法设计用于多种路径注释格式(例如。Gmt, txt, xlsx)，允许用户在自定义注释上运行路径分析。该软件包还与Cytoscape集成，以提供基于网络的路径可视化，增强结果的可解释性。

作者:凯瑟琳·罗斯[aut, cre]

维护者:凯瑟琳·罗斯<凯瑟琳。罗斯在mail.utoronto.ca>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“fedup”)

超文本标记语言	R脚本	fedup_doubleTest.html
超文本标记语言	R脚本	fedup_mutliTest.html
超文本标记语言	R脚本	fedup_singleTest.html
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GeneSetEnrichment，网络，NetworkEnrichment，通路，软件
版本	1.6.0
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.1)
进口	openxlsx，宠物猫，dplyr，data.table，ggplot2，ggthemes，forcats，RColorBrewer，RCy3， utils，统计
链接
建议	biomaRt，tidyr，testthat，knitr，rmarkdown，devtools，covr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/rosscm/fedup
BugReports	https://github.com/rosscm/fedup/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	fedup_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	fedup_1.6.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	fedup_1.6.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	fedup_1.6.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/fedup
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/fedup
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/fedup/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/fedup/
软件包下载报告	下载数据