fcoex

DOI:10.18129 / B9.bioc.fcoex

基于fcbf的单细胞共表达网络

Bioconductor版本:发行版(3.16)

fcoex包实现了一个易于使用的基于FCBF (Fast Correlation-Based Filter)算法的共表达式分析接口。它是专门用于处理单单元数据的。所发现的模块可用于重新定义细胞群,揭示新的基因关联,并通过关联内疚来预测基因功能。该包结构改编自CEMiTool包,依赖于由CEMiTool作者设计和编写的可视化和代码。

作者:Tiago Lubiana [aut, cre], Helder Nakaya [aut, ths]

维护者:Tiago Lubiana < Tiago . Lubiana。阿尔维斯在usp.br>

引文(从R内,输入引用(“fcoex”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“fcoex”)

超文本标记语言 R脚本 Fcoex:单细胞数据的共表达
超文本标记语言 R脚本 fcoex:与Seurat集成的单细胞数据的共表达
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews GeneExpressionGraphAndNetworkImmunoOncology网络NetworkEnrichment通路RNASeqSingleCell软件转录组mRNAMicroarray
版本 1.12.0
在Bioconductor BioC 3.10 (R-3.6)(3年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 4.1)
进口 FCBF平行,进步dplyrggplot2ggrepeligraph、网格鹰图stringrclusterProfilerdata.table, grDevices,方法,网络尺度系统网络体系结构(sna), utils,统计,SingleCellExperimentpathwayPCA矩阵
链接
建议 testthat(> =魅惑,devtoolsBiocManagerTENxPBMCDataschexgridExtra食物修拉knitrrmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 fcoex_1.12.0.tar.gz
Windows二进制 fcoex_1.12.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) fcoex_1.12.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) fcoex_1.12.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/fcoex
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/fcoex
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/fcoex/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/fcoex/
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