fcoex

DOI:10.18129 / B9.bioc.fcoex

基于fcbf的单细胞共表达网络

Bioconductor版本:发行版(3.16)

fcoex包实现了一个易于使用的基于FCBF (Fast Correlation-Based Filter)算法的共表达式分析接口。它是专门用于处理单单元数据的。所发现的模块可用于重新定义细胞群，揭示新的基因关联，并通过关联内疚来预测基因功能。该包结构改编自CEMiTool包，依赖于由CEMiTool作者设计和编写的可视化和代码。

作者:Tiago Lubiana [aut, cre]， Helder Nakaya [aut, ths]

维护者:Tiago Lubiana < Tiago . Lubiana。阿尔维斯在usp.br>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“fcoex”)

超文本标记语言	R脚本	Fcoex:单细胞数据的共表达
超文本标记语言	R脚本	fcoex:与Seurat集成的单细胞数据的共表达
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文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression，GraphAndNetwork，ImmunoOncology，网络，NetworkEnrichment，通路，RNASeq，SingleCell，软件，转录组，mRNAMicroarray
版本	1.12.0
在Bioconductor	BioC 3.10 (R-3.6)(3年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.1)
进口	FCBF平行,进步，dplyr，ggplot2，ggrepel，igraph、网格鹰图，stringr，clusterProfiler，data.table， grDevices，方法，网络，尺度，系统网络体系结构(sna)， utils，统计，SingleCellExperiment，pathwayPCA，矩阵
链接
建议	testthat(> =魅惑,devtools，BiocManager，TENxPBMCData，嘘，schex，gridExtra，食物，修拉，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	fcoex_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	fcoex_1.12.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	fcoex_1.12.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	fcoex_1.12.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/fcoex
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/fcoex
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/fcoex/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/fcoex/
软件包下载报告	下载数据