famat

DOI:10.18129 / B9.bioc.famat

代谢和转录组数据的功能分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

Famat用于收集用户提供的基因和代谢物列表的数据，并通过Shiny应用程序将其可视化。收集的信息是:-包含一些用户的基因和代谢物的路径(使用路径富集分析获得)。-路径内用户元素之间的直接交互。-关于元素的信息(它们的标识符和描述)。对用户基因进行Go术语富集分析。闪亮的应用程序由:-关于基因，代谢物的信息，以及它们在通路内的直接相互作用。热图显示列表中哪些元素在路径中(路径是分层结构的)。-层次丰富的围棋术语使用分子功能和生物过程。

作者:Mathieu Charles [aut, cre]

维护者:Mathieu Charles < Mathieu。查尔斯在inrae.fr>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“famat”)

超文本标记语言	R脚本	famat
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	FunctionalPrediction，去，GeneSetEnrichment，KEGG，通路，Reactome，软件
版本	1.8.0
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(2年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.0)
进口	KEGGREST，mgcv统计数据,BiasedUrn，dplyr，gprofiler2，rWikiPathways，reactome.db，stringr，GO.db，ontologyIndex，tidyr，闪亮的，shinydashboard，shinyBS，情节，magrittr，DT，clusterProfiler，org.Hs.eg.db
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，testthat，BiocManager
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/emiliesecherre/famat
BugReports	https://github.com/emiliesecherre/famat/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	famat_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	famat_1.8.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	famat_1.8.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	famat_1.8.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/famat
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/famat
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/famat/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/famat/
软件包下载报告	下载数据