exomePeak2

DOI:10.18129 / B9.bioc.exomePeak2

MeRIP-Seq的峰值呼叫和差分分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

exomePeak2为甲基化RNA免疫沉淀测序(MeRIP-Seq)数据提供峰值检测和差异甲基化。MeRIP-Seq是一种常用的测序方法，用于测量特定细胞条件下RNA修饰位点的位置和丰度。在实践中，该技术对NGS数据中常见的PCR扩增偏差很敏感。此外，免疫沉淀的效率在不同的IP样品之间往往存在差异。exomePeak2可以独立于GC内容偏差和IP效率变化执行峰值调用和差异分析。

作者:甄伟[aut, cre]

维护者:甄伟<甄。在icloud.com wei10 >

安装

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如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("exomePeak2")

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文档

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browseVignettes(“exomePeak2”)

超文本标记语言	R脚本	exomePeak2用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	报道，DifferentialMethylation，DifferentialPeakCalling，MethylSeq，PeakDetection，RNASeq，测序，软件
版本	1.10.0
Bioconductor自	BioC 3.11 (R-4.0)(2.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5.0),SummarizedExperiment
进口	Rsamtools，GenomicAlignments，GenomicRanges，GenomicFeatures，DESeq2，ggplot2，mclust，BSgenome，Biostrings，GenomeInfoDb，BiocParallel，IRanges，S4Vectors，rtracklayer，方法，统计，效用，BiocGenerics，magrittr，speedglm,样条函数
链接
建议	knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/ZW-xjtlu/exomePeak2/issues
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

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源包	exomePeak2_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	exomePeak2_1.10.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	exomePeak2_1.10.0.tgz
macOS二进制(arm64)	exomePeak2_1.9.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/exomePeak2
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ exomePeak2
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/exomePeak2/
包下载报告	下载数据