逃避

DOI:10.18129 / B9.bioc.escape

简单的单细胞富集分析平台

Bioconductor版本:发行版(3.16)

一种桥接R包,以促进单细胞RNA测序背景下的基因集富集分析(GSEA)。使用原始计数信息、Seurat对象或singlecel实验格式,用户可以跨单个单元执行和可视化GSEA。

作者:Nick Borcherding [aut, cre], Jared Andrews [aut]

维护者:Nick Borcherding

引文(从R内,输入引用(“逃离”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“逃离”)

超文本标记语言 R脚本 Escape-ingToWork
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 注释,分类,GeneSetEnrichment,GeneSignaling,通路,测序,SingleCell,软件
版本 1.8.0
在Bioconductor BioC 3.12 (R-4.0)(2年)
许可证 GPL-2
取决于 R (>= 4.1)
进口 grDevices,dplyr,ggplot2,GSEABase,GSVA,SingleCellExperiment,ggridges,msigdbr统计数据,BiocParallel,矩阵,UCell,扫帚,reshape2,拼接而成,MatrixGenerics跑龙套,rlang,stringr,data.table,SummarizedExperiment、方法
链接
建议 修拉,SeuratObject,knitr,rmarkdown,减价,BiocStyle,testthat,dittoSeq(> = 1.1.2)
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我 Cepo
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 escape_1.8.0.tar.gz
Windows二进制 escape_1.8.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64) escape_1.8.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/escape
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/escape
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/escape/
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  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网