esATAC

DOI:10.18129 / B9.bioc.esATAC

一个易于使用的系统管道ATACseq数据分析

Bioconductor版本:版本(3.16)

这个包提供了一个框架,完成预设的量化和分析管道ATAC-seq读取。它涵盖了原始测序读预处理(FASTQ文件),读取对齐(Rbowtie2),对齐读取文件操作(山姆,BAM,床上文件),峰值调用(F-seq)基因组注释(主题,去,SNP分析)和质量控制报告。这个包是由数据流图。用户很容易通过变量之间的无缝流程和了解工作流程。用户可以通过端到端预设管道处理FASTQ文件产生一个HTML报告质量控制和初步统计结果,或定制工作流从任何中间阶段esATAC功能轻松和灵活。

作者:郑魏,魏张

维护人员:郑魏< wzweizheng qq.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“esATAC”)

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文档

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HTML	R脚本	esATAC:一个易于使用的系统的管道ATAC-seq数据分析
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文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	ATACSeq,对齐,报道,DNASeq,DNaseSeq,ImmunoOncology,预处理,质量控制,测序,软件
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 3.6 (r - 3.4)(5年)
许可证	GPL-3 |文件许可证
取决于	R (> = 4.0.0),Rsamtools,GenomicRanges,ShortRead,pipeFrame
进口	Rcpp(> = 0.12.11)、方法knitr,Rbowtie2,rtracklayer,ggplot2,Biostrings,ChIPseeker,clusterProfiler,igraph,rJava,magrittr,消化,BSgenome,AnnotationDbi,GenomicAlignments,GenomicFeatures,R.utils,GenomeInfoDb,BiocGenerics,S4Vectors,IRanges,rmarkdown、工具、维恩图、网格JASPAR2018,TFBSToolsgrDevices图形,统计,跑龙套,平行,corrplot,BiocManager,motifmatchr
链接	Rcpp
建议	BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,org.Hs.eg.db,testthat,webshot
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL	https://github.com/wzthu/esATAC
BugReports	https://github.com/wzthu/esATAC/issues
取决于我
进口我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	esATAC_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	esATAC_1.20.0.zip
macOS二进制(x86_64)	esATAC_1.20.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/esATAC
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ esATAC
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/esATAC/
包下载报告	下载数据