epivizr

DOI:10.18129 / B9.bioc.epivizr

R epviz web应用程序的接口

Bioconductor版本:发行版(3.16)

该软件包提供了到epiviz web应用程序(http://epiviz.cbcb.umd.edu)的连接,用于基因组数据的交互式可视化。R/bioc交互会话中的对象可以显示在基因组浏览器跟踪或绘图中,以便通过基因组区域导航进行探索。支持基本的Bioconductor数据结构(例如,GenomicRanges和rangedsummarizeexperiment对象),同时提供了一种简单的机制来支持其他数据结构(通过包epivizrData)。可视化(使用d3.js)也可以轻松地添加到web应用程序中。

作者:Hector Corrada Bravo, Florin Chelaru, Llewellyn Smith, Naomi Goldstein, Jayaram Kancherla, Morgan Walter, Brian Gottfried

维护者:Hector Corrada Bravo

引文(从R内,输入引用(“epivizr”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("epivizr")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“epivizr”)

超文本标记语言 R脚本 epivizr简介
PDF 参考手册
文本 新闻
视频 Epiviz快速参观

细节

biocViews GUI基础设施软件可视化
版本 2.28.0
在Bioconductor BioC 2.13 (R-3.0)(9.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R(>= 3.5.0),方法
进口 epivizrServer(> = 1.1.1),epivizrData(> = 1.3.4),GenomicRangesS4VectorsIRangesbumphunterGenomeInfoDb
链接
建议 testthatroxygen2knitrBiobaseSummarizedExperimentantiProfilesDatahgu133plus2.dbMus.musculusBiocStyleminfirmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我 epivizrStandalonescTreeViz
进口我 metavizr
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 epivizr_2.28.0.tar.gz
Windows二进制 epivizr_2.28.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) epivizr_2.28.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) epivizr_2.28.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/epivizr
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/epivizr
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/epivizr/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/epivizr/
软件包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请细阅发布指南.将有关Bioconductor的问题发送到以下位置之一:

  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网