epivizr

DOI:10.18129 / B9.bioc.epivizr

R epviz web应用程序的接口

Bioconductor版本:发行版(3.16)

该软件包提供了到epiviz web应用程序(http://epiviz.cbcb.umd.edu)的连接，用于基因组数据的交互式可视化。R/bioc交互会话中的对象可以显示在基因组浏览器跟踪或绘图中，以便通过基因组区域导航进行探索。支持基本的Bioconductor数据结构(例如，GenomicRanges和rangedsummarizeexperiment对象)，同时提供了一种简单的机制来支持其他数据结构(通过包epivizrData)。可视化(使用d3.js)也可以轻松地添加到web应用程序中。

作者:Hector Corrada Bravo, Florin Chelaru, Llewellyn Smith, Naomi Goldstein, Jayaram Kancherla, Morgan Walter, Brian Gottfried

维护者:Hector Corrada Bravo

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("epivizr")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“epivizr”)

超文本标记语言	R脚本	epivizr简介
PDF		参考手册
文本		新闻
视频		Epiviz快速参观

细节

biocViews	GUI，基础设施，软件，可视化
版本	2.28.0
在Bioconductor	BioC 2.13 (R-3.0)(9.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 3.5.0)，方法
进口	epivizrServer(> = 1.1.1),epivizrData(> = 1.3.4),GenomicRanges，S4Vectors，IRanges，bumphunter，GenomeInfoDb
链接
建议	testthat，roxygen2，knitr，Biobase，SummarizedExperiment，antiProfilesData，hgu133plus2.db，Mus.musculus，BiocStyle，minfi，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	epivizrStandalone，scTreeViz
进口我	metavizr
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	epivizr_2.28.0.tar.gz
Windows二进制	epivizr_2.28.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	epivizr_2.28.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	epivizr_2.28.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/epivizr
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/epivizr
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/epivizr/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/epivizr/
软件包下载报告	下载数据