epistack

DOI:10.18129 / B9.bioc.epistack

从表观遗传信号的热图的堆栈配置文件

Bioconductor版本:版本(3.17)

epistack包主要目的是成堆的基因组的可视化跟踪(例如,但不限于,ChIP-seq, ATAC-seq, methyation DNA或基因保护数据)集中在感兴趣的基因组区域。epistack需要三种不同的输入:1)基因组评分对象,如ChIP-seq覆盖或DNA甲基化值,作为“农庄”(容易获得‘大佬’或‘砰’文件)。2)一个感兴趣的特性列表,如山峰或转录开始网站,提供一个“农庄”(容易获得来自“gtf”或“床”文件)。3)得分排序功能,如峰高或基因表达的价值。

作者:尚驰萨菲亚(aut) DEVAILLY Guillaume (cre, aut)

维护人员:DEVAILLY Guillaume < gdevailly hotmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“epistack”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“epistack”)

HTML	R脚本	使用epistack
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	ChIPSeq,报道,GeneExpression,预处理,RNASeq,软件
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(1.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.1)
进口	GenomicRanges,SummarizedExperiment,BiocGenerics,S4Vectors,IRanges、图形、plotrix grDevices、属性、方法
链接
建议	testthat (> = 3.0.0),BiocStyleknitr rmarkdown,EnrichedHeatmap,biomaRt,rtracklayer,vdiffr covr魔法
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/GenEpi-GenPhySE/epistack
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	epistack_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	epistack_1.6.0.zip
macOS二进制(x86_64)	epistack_1.6.0.tgz
macOS二进制(arm64)	epistack_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/epistack
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ epistack
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/epistack/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/epistack/
包下载报告	下载数据