epimutacions

DOI:10.18129 / B9.bioc.epimutacions

DNA甲基化数据的稳健离群值识别

Bioconductor版本:发行版(3.16)

该软件包包括一些统计异常值检测方法，用于DNA甲基化数据的表观检测。软件包中包含的方法包括MANOVA、多元线性模型、隔离林、鲁棒马氏距离、分位数和beta。这些方法将带有疑似疾病的病例样本与参考小组(由健康个体组成)进行比较，以确定给定病例样本中的疾病发生情况。它还包含一些函数，用于注释和可视化识别的结果。

作者:Dolors Pelegri-Siso [aut, cre]，胡安·r·冈萨雷斯[au]， Carlos Ruiz-Arenas [au]， Carles Hernandez-Ferrer [au]， Leire Abarrategui [au]

维护者:Dolors Pelegri-Siso < Dolors。在isglobal.org pelegri >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("epimutacions")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“epimutacions”)

超文本标记语言	R脚本	用甲基化数据中最先进的方法检测表观突变
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	BiologicalQuestion，DNAMethylation，归一化，预处理，软件，StatisticalMethod
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.2.0),epimutacionsData
进口	minfi，bumphunter，isotree，robustbase，ggplot2，GenomicRanges，GenomicFeatures，IRanges，SummarizedExperiment统计数据,matrixStats，BiocGenerics，S4Vectors跑龙套,biomaRt，BiocParallel，GenomeInfoDb，Homo.sapiens，purrr，宠物猫，Gviz，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene，rtracklayer，AnnotationDbi，AnnotationHub，ExperimentHub，reshape2、网格ensembldb，gridExtra，IlluminaHumanMethylation450kmanifest，IlluminaHumanMethylationEPICmanifest，IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19，IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19，ggrepel
链接
建议	testthat，knitr，rmarkdown，BiocStyle，a4Base，kableExtra、方法、grDevices
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/isglobal-brge/epimutacions
BugReports	https://github.com/isglobal-brge/epimutacions/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	epimutacions_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	epimutacions_1.2.0.zip
macOS二进制(x86_64)	epimutacions_1.2.0.tgz
macOS二进制(arm64)	epimutacions_1.1.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/epimutacions
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ epimutacions
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/epimutacions/
包下载报告	下载数据