Ensembldb

doi：10.18129/b9.bioc.ensembldb

实用程序创建和使用基于Enembl的注释数据库

生物导体版本：版本（3.15）

该软件包提供了创建和使用以转录本为中心的注释数据库/软件包的功能。数据库的注释使用其PERL API直接从Ensembl获取。该功能和数据类似于GenomicFeatures软件包中的TXDB软件包的功能和数据，但是除了检索所有基因/转录本模型和从数据库中的注释外，EnsemblDB还提供了一个过滤器框架，可允许检索针对诸如基因上的特定基因的注释，以便在编码的基因上进行注释。LincRNA基因的染色体区域或转录本模型。用EnsemblDB构建的ENSDB数据库还包含蛋白质及其编码转录本之间的蛋白质注释和映射。最后，EnsemblDB提供了在基因组，转录和蛋白质坐标之间绘制的函数。

作者：Johannes Rainer ，由Tim Triche，Sebastian Gibb，Laurent Gatto和Christian Weichenberger提供了贡献。

维护者：约翰内斯·雷纳（Johannes Rainer）

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ emembldb”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ emembldb”）

html	R脚本	生成基于Enembl的注释软件包
html	R脚本	基因组，转录本和蛋白质坐标之间的映射
html	R脚本	查询蛋白质特征
html	R脚本	用于与Ensembldb协调映射的用例
html	R脚本	使用MariadB/MySQL Server后端
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	AnnotationData，，，，覆盖范围，，，，遗传学，，，，测序，，，，软件
版本	2.20.1
在生物导体中	Bioc 3.1（R-3.2）（7年）
执照	LGPL
要看	r（> = 3.5.0），生物基因（> = 0.15.10），基因组机（> = 1.31.18），GenomicFeatures（> = 1.29.10），AnnotationFilter（> = 1.5.2）
进口	方法，rsqlite（> = 1.1），DBI，，，，生物酶，，，，GenomeInfodB，，，，AnnotationDbi（> = 1.31.19），rtracklayer，，，，S4VECTORS（> = 0.23.10），rsamtools，，，，iranges（> = 2.13.24），蛋白质，，，，生物弦（> = 2.47.9），卷曲
链接
建议	生物使用，，，，尼特，，，，ensdb.hsapiens.v86（> = 0.99.8），测试，，，，bsgenome.hsapiens.ncbi.grch38，，，，GGBIO（> = 1.24.0），GVIZ（> = 1.20.0），马格里特，，，，rmarkDown，，，，AnnotationHub
系统要求
增强	rmariaDB，，，，闪亮的
URL	https://github.com/jorainer/ensembldb
BugReports	https://github.com/jorainer/ensembldb/issues
取决于我	Ahensdbs，，，，Chimeraviz，，，，ensdb.hsapiens.v75，，，，Ensdb.hsapiens.v79，，，，ensdb.hsapiens.v86，，，，ensdb.mmusculus.v75，，，，ensdb.mmusculus.v79，，，，ensdb.rnorvegicus.v75，，，，Ensdb.rnorvegicus.v79
进口我	Biovizbase，，，，Busparse，，，，Chippeakanno，，，，共识，，，，diffutr，，，，药物核互相，，，，epivizrdata，，，，GenomicDistributionsData，，，，GGBIO，，，，GVIZ，，，，ldblock，，，，metagene，，，，丽塔，，，，Scanmirapp，，，，scrnaseq，，，，TVTB，，，，tximeta
建议我	高山，，，，cnvranger，，，，达斯珀，，，，艾萨尔，，，，日期，，，，epitxdb，，，，鱼池，，，，GenomicFeatures，，，，Multicrispr，，，，nullranges，，，，土星，，，，WigglePlotr
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	emembldb_2.20.1.tar.gz
Windows二进制	emembldb_2.20.1.zip
MacOS 10.13（高山脉）	emembldb_2.20.1.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ensembldb
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/emembldb
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/ensembldb/
软件包下载报告	下载统计
Bioc 3.15的旧源软件包	来源存档